Fakultas Pertanian Universitas Pekalongan berdiri pada tahun 1984 dengan ijin operasional dari Koordinator Perguruan Tinggi Swasta (Kopertis) Wilayah VI No. 966/K/14.40/Kop.VI/V/1984, dan pada tahun 1986 mendapatkan status terdaftar dari Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia dengan SK No. 0828/0/1986. Pada tahun 2000, kinerja Fakultas Pertanian dinilai baik, terbukti dengan status Terakreditasi C untuk Program Studi Agronomi dengan SK BAN-PT No. 0417/Ak-1-III-023/UPFAGR/IX/2000. Pada tahun 2003, statusnya meningkat menjadi Terakreditasi B dengan SK BAN-PT nomor 044/BAN-PT/Ak.7/S1/XII/2003. Perkembangan selanjutnya Fakultas Pertanian Universitas Pekalongan Program Studi Agronomi dapat mempertahankan Terakreditasi B dengan SK dari BAN-PT No. 001/BAN-PT/Ak-XII/III/2009.

Selanjutnya, dengan diterbitkannya SK Dirjen Dikti No. 163/DIKTI/KEP/2007 tentang Penataan dan Kodifikasi Program Studi pada Perguruan Tinggi, maka mulai tahun akademik 2008/2009, Fakultas Pertanian Universitas Pekalongan menyelenggarakan program studi Agroteknologi yang merupakan perubahan nama dari program studi lama yaitu Agronomi. Perubahan nama program studi ini membawa dampak dan kontribusi yang positif terhadap lembaga dan pengelola, yaitu terjadi peningkatan peminat dan jumlah mahasiswa secara signifikan.